Чтобы записи в Kontur Diadoc создавались из Shopify без ручного ввода, достаточно готового сценария.
Эту интеграцию Shopify и Kontur Diadoc можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.