Сценарий по расписанию забирает новые файлы из Nextcloud и складывает их копии в Nextcloud. Резервная копия живёт сама.
Перенос данных из GitHub в Nextcloud делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.