Сценарий по расписанию забирает новые файлы из S3 и складывает их копии в S3. Резервная копия живёт сама.
Чтобы данные из Nextcloud автоматически попадали в S3, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Такой сценарий можно запустить в Scriptera: задача описывается обычными словами, сборка и запуск — на стороне сервиса.