Чтобы данные из KoBoToolbox автоматически попадали в Extract from File, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию KoBoToolbox и Extract from File можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.