Чтобы данные из WhatsApp Business Cloud автоматически попадали в Zendesk, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию WhatsApp Business Cloud и Zendesk можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.