Чтобы данные из QuickBooks Online автоматически попадали в Clockify, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию QuickBooks Online и Clockify можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.