Чтобы заявки из Invoice Ninja сами попадали в Wufoo, достаточно готового сценария — без ручного переноса и потерь.
Эту интеграцию Invoice Ninja и Wufoo можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.