Сценарий находит папки в Box и сам создаёт папки в Git. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из Box в Git делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Box и Git можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.