Чтобы данные из TheHive 5 автоматически попадали в Invoice Ninja, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию TheHive 5 и Invoice Ninja можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.