Чтобы данные из MySQL автоматически попадали в Moysklad, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию MySQL и Moysklad можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.