Чтобы данные из Extract from File автоматически попадали в QuickBooks Online, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Extract from File и QuickBooks Online можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.