Чтобы данные из S3 автоматически попадали в Invoice Ninja, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию S3 и Invoice Ninja можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.