Сценарий регулярно проверяет новые документы в Moysklad и копирует их в S3. Резервная копия делается сама.
Перенос данных из Moysklad в S3 делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Moysklad и S3 можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.