После оплаты в Stripe сценарий заводит клиента в WooCommerce и фиксирует поступление. Учёт совпадает с кассой без ручного ввода.
Чтобы записи в WooCommerce создавались из Stripe без ручного ввода, достаточно готового сценария.
Настроить такую автоматизацию (Stripe + WooCommerce) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.