После оплаты в WooCommerce сценарий заводит клиента в Harvest и фиксирует поступление. Учёт совпадает с кассой без ручного ввода.
Чтобы записи в Harvest создавались из WooCommerce без ручного ввода, достаточно готового сценария.
Настроить такую автоматизацию (WooCommerce + Harvest) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.