После оплаты в WooCommerce сценарий заводит клиента в Magento 2 и фиксирует поступление. Учёт совпадает с кассой без ручного ввода.
Сценарий сам создаёт записи в Magento 2 по данным из WooCommerce — ручной ввод больше не нужен.
Настроить такую автоматизацию (WooCommerce + Magento 2) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.