Чтобы данные из Invoice Ninja автоматически попадали в SyncroMSP, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Invoice Ninja и SyncroMSP можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.