Чтобы данные из Invoice Ninja автоматически попадали в Harvest, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Invoice Ninja и Harvest можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.