Сценарий замечает появление клиентов в WooCommerce и сам удаляет транзакции в invoiceNinja. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из WooCommerce в Invoice Ninja делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Настроить такую автоматизацию (WooCommerce + Invoice Ninja) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.