Чтобы данные из Clockify автоматически попадали в Agile CRM, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Clockify и Agile CRM можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.