Чтобы данные из Clockify автоматически попадали в Emelia, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Clockify и Emelia можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.