Перенос данных из WooCommerce в Invoice Ninja делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию WooCommerce и Invoice Ninja можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.