Перенос данных из Invoice Ninja в Azure Cosmos DB делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Invoice Ninja и Azure Cosmos DB можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.