Каждый новый клиент раскладывается по полям и заводится записью во второй системе.
Чтобы записи в Microsoft SQL создавались из Invoice Ninja без ручного ввода, достаточно готового сценария.
Настроить такую автоматизацию (Invoice Ninja + Microsoft SQL) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.