Чтобы данные из GitHub автоматически попадали в Zendesk, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию GitHub и Zendesk можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.