Чтобы данные из Freshdesk автоматически попадали в WooCommerce, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Freshdesk и WooCommerce можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.