Чтобы заявки из Pipedrive сами попадали в Clockify, достаточно готового сценария — без ручного переноса и потерь.
Эту интеграцию Pipedrive и Clockify можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.