Чтобы данные из Bitrix24 автоматически попадали в Freshdesk, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Bitrix24 и Freshdesk можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.