Сценарий замечает появление папок в Git и сам создаёт файлы в S3. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из Git в S3 делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Git и S3 можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.