Сценарий замечает появление папок в S3 и сам создаёт файлы в Yandex Disk. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из S3 в Yandex Disk делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию S3 и Yandex Disk можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.