Сценарий замечает появление папок в S3 и сам создаёт группы в AWS Cognito. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из S3 в AWS Cognito делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию S3 и AWS Cognito можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.