Сценарий замечает появление папок в Git и сам создаёт проекты в Moysklad. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из Git в Moysklad делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Git и Moysklad можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.