Чтобы данные из Microsoft OneDrive автоматически попадали в Git Flic, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Microsoft OneDrive и Git Flic можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.