Сценарий замечает появление папок в Git и сам удаляет задачи в Harvest. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из Git в Harvest делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Git и Harvest можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.