Сценарий замечает появление папок в S3 и сам запускает запросы в Magento 2. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из S3 в Magento 2 делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию S3 и Magento 2 можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.