Уведомления из Customer.io в Matrix настраиваются готовым сценарием: он ловит событие и сразу шлёт сообщение.
Эту интеграцию Customer.io и Matrix можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.