Чтобы данные из Intercom автоматически попадали в Microsoft SQL, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Intercom и Microsoft SQL можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.