Чтобы данные из Clockify автоматически попадали в Flexbe, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Clockify и Flexbe можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.