Перенос данных из Magento 2 в GitHub делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Magento 2 и GitHub можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.