Чтобы данные из Magento 2 автоматически попадали в Wekan, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Magento 2 и Wekan можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.