Чтобы данные из Invoice Ninja автоматически попадали в Get Course, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Invoice Ninja и Get Course можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.