Чтобы данные из Pipedrive автоматически попадали в QuickBooks Online, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Pipedrive и QuickBooks Online можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.