Сценарий замечает появление списков в Trello и сам создаёт папки в Git. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из Trello в Git делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Эту интеграцию Trello и Git можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.