Чтобы данные из Freshdesk автоматически попадали в Azure Cosmos DB, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Freshdesk и Azure Cosmos DB можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.