Чтобы данные из GitLab автоматически попадали в Help Desk Eddy, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию GitLab и Help Desk Eddy можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.