Чтобы данные из Monica CRM автоматически попадали в Microsoft SQL, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Monica CRM и Microsoft SQL можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.