Чтобы данные из Shopify автоматически попадали в Agile CRM, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Shopify и Agile CRM можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.