Сценарий замечает появление заказов в GitHub и сам создаёт счета в Magento 2. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из GitHub в Bitrix24 делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Настроить такую автоматизацию (GitHub + Bitrix24) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.