Сценарий замечает появление заказов в WooCommerce и сам создаёт счета в Magento 2, по пути проверяет условие. Работает само, без ручного переноса.
Перенос данных из WooCommerce в Magento 2 делается готовым сценарием: он сам замечает новое и переносит его.
Настроить такую автоматизацию (WooCommerce + Magento 2) можно в Scriptera — без кода: опишите задачу, остальное сделают за вас.