Чтобы данные из Omnidesk автоматически попадали в Shopify, достаточно готового сценария — без выгрузок руками.
Эту интеграцию Omnidesk и Shopify можно запустить в Scriptera: опишите задачу словами — сценарий соберут, запустят и будут следить, чтобы он работал.